Berlawanan dengan bukti-bukti lisan dan sejarah, kebanyakan rakyat Balochistan percaya bahawa mereka adalah berasal dari Semitik dan bukannya Iran. Balochistan mendakwa mereka telah meninggalkan Aleppo di Syria pada kira-kira dalam milenia pertama dan berhijrah ke Balochistan,[8] on the other hand it is considered more likely they are an Iranian group who have possibly absorbed some Arab ancestry and cultural traits instead, adalah juga dipercayai bahawa kaum Baloch mempunyai berketurunan Arab, dan kemungkinan mereka telah meninggalkan tanah Arab apabila Iraq berpecah daripada Parsi pada 652 SM dan terdapat bukti-bukti sejarah yang mengaitkan mereka telah mendiami (Khuzestan) dan (Bushehr) sebelum berpindah ke Kerman dan Hormozgan. Pada kurun ke-15, Mir Chakar Khan Rind telah menjadi raja pertama di Baluchistan. Balochistan selepas itu telah dikuasi oleh empayar-empayar yang berpangkalan di Iran dan Afghanistan termasuk juga Empayar Mughal yang berasal dari India. Ahmed Shah Durrani telah mengilhakkan kawasan ini sebagai sebahagian daripada Afghanistan "Raya". Kawasan ini akhirnya kembali dalam kawalan kaum Balochi tempatan, walaubagaimanapun kawasan utara masih dikuasai oleh kaum Pashtun.

Semasa zaman Raj British, terdapat empat negeri-negeri beraja di Balochistan: Makran, Kharan, Las Bela dan Kalat. Pada 1876, Sir Robert Sandeman menandatangani perjanjian dengan Khan dari Kalat dan menjadikan wilayah-wilayah beliau - termasuk Kharan, Makran, dan Las Bela - di bawah pemerintahan tertinggi British. Selepas Perang Afghanistan II pada 1878-80, Perjanjian Gandamak telah ditandatangani pada Mei 1879, Emir Afghanistan telah menyerahkan daerah-daerah Quetta, Pishin,Sibi, Harnai, dan Thal Chotiali kepada British. Pada 1883, British telah menyewa Genting Bolan, di tenggara Quetta, daripada Khan Kalat secara kekal. Pada 1887, beberapa kawasan di Balochistan telah diistiharkan sebagai tanah jajahan British. Pada 1893, Sir Mortimer Durand telah berunding satu perjanjian dengan Amir Abdur Rahman Khan dari Afghanistan untuk menetapkan Garisan Durand yang bermula dari Chitral ke Balochistan sebagai sempadan di antara Afghanistan dan British.

Terdapat dua kejadian gempa bumi membinasakan yang berlaku di Balochistan semasa pemerintahan penjajah British: Gempa bumi Balochistan 1935 telah memusnahkan Quetta dan Gempa bumi Balochistan 1945, dengan pusat gempanya di kawasan Makran. Gempa ini juga telah dirasai oleh kawasan-kawasan lain di Asia Selatan.

Pada 15 Jun, 2006, dianggarkan seramai 600 orang pejuang, yang diketuai oleh tiga komander, bersetuju untuk meletak senjata setelah berunding dengan Shoaib Nausherwani, Menteri Hubungan Dalam Negeri Baluchistan, di daerah Dera Bugti.[9] Pada 26 Ogos, pemimpin puak Balochistan Nawab Akbar Khan Bugti telah terbunuh dalam serangan udara yang dilakukan oleh angkatan tentera Pakistan.[10]

Pada 1998 Pakistan telah menjalankan ujian nuklear di Ras Koh dan padang pasir Kharan, kedua-duanya di Wilayah Kharan di barat laut Balochistan. Selepas rampasan kuasa oleh Musharraf daripada kerajaan Nawaz Sharif, gerakan pemberontakan oleh puak pemisah muncul kembali.